As expedições fluviais do Doutores das Águas são realizadas por meio de duas grandes jornadas pela Amazônia. Em Roraima, a expedição pelo Rio Negro percorre cerca de 1.050 km ao longo de 12 dias, com paradas em nove comunidades ribeirinhas e atendimento a aproximadamente 37 comunidades do entorno. Já a expedição pelo Rio Amazonas tem duração de 13 dias, percorre cerca de 1.300 km e realiza sete paradas, alcançando 47 comunidades ribeirinhas.